از دلایل تقسیم پرداخت حقوق به این برمی‌گشت که با توسعه بودجه‌ریزی مبتنی بر عملکرد و بهای تمام شده، در دستگاه‌های اجرایی که این نوع از بودجه‌ریزی را در دستور کار دارند، از این اختیار برخوردار شدند که تمام اعتبارات را بر اساس تشخیص خود هزینه کنند و در مقابل در دستگاه‌هایی که از بودجه‌ریزی مبتنی بر عملکرد تبعیت نمی‌کنند، دولت مسئولیت پرداخت حقوق مستمر را بر عهده گرفته و مابقی را به دستگاه واگذار کرده تا با اعتبار مصوب خود نسبت به پرداخت اقدام کند.

این در حالی است که اخیرا سازمان برنامه و بودجه شیوه‌نامه اجرایی پرداخت حقوق و مزایای کارکنان و تمامی پرداخت‌های مشابه حقوق و دستمزد دستگاه‌های اجرایی را طبق ضوابط اجرایی قانون بودجه ابلاغ کرده است و نشان از ادامه روند پرداخت در سال گذشته دارد.

در این شیوه‌نامه که در واقع نحوه پرداخت‌ها و نوع مسئولیت سازمان‌ها و دستگاه‌های مربوطه را مشخص می‌کند، دستگاه‌ها موظف هستند به منظور اجرای هماهنگی در پرداخت حقوق و مزایای مستمر کارکنان، لیست حقوق و فوق العاده‌های مستمر کارکنان خود را مطابق آخرین حکم کارگزینی و مبلغ مندرج در قرارداد آنها به صورت ماهانه و حداکثر تا ۲۰ هر ماه در سامانه خزانه‌داری کل بارگذاری کرده و با امضای بالاترین مقام دستگاه اجرایی و یا مقام مجاز از طرف وی و همچنین امضای ذی‌حساب از وزارت اقتصاد - خزانه داری کل کشور درخواست وجه کند.

البته مسئولیت صحت لیست حقوقی که دستگاه‌ها ارائه می‌کنند با بالاترین مقام اجرایی و ذی‌حساب یا مسئول امور مالی ذی‌ربط دستگاه اجرایی است.

وزارت  اقتصاد باید مبالغ مربوط به مالیات، کسور بازنشستگی، حق بیمه تامین اجتماعی سهم دولت و کارکنان و حق بیمه‌های خدمات درمانی سهم دولت، دستگاه اجرایی و کارکنان را با رعایت مقررات به حساب‌های تمرکز وجوه نزد بانک مرکزی که به نام دستگاه‌های مربوطه است، واریز کند و ضمن واریز مبلغ سایر کسور به حساب بانک پرداخت اعتبارات هزینه دستگاه اجرایی، مبلغ خالص حقوق و مزایای مستمر کارکنان مستقیم به حساب بانکی ‌آنها واریز شود.

در مورد دستگاه‌های اجرایی دارای نمایندگی خارج از کشور نیز آنها مکلف شده‌اند لیست معادل ریالی حقوق خالص حقوق و مزایای مستمر ارزی کارکنان رسمی و پیمانی خود را که در آن نمایندگی‌ها خدمت می‌کنند به صورت ماهانه و حداکثر تا بیستم هر ماه با امضای بالاترین مقام اجرایی دستگاه یا مقام مجاز از سمت او و با امضای ذی‌حساب از وزارت اقتصاد در سقف تخصیص اعتبار اعلامی درخواست وجه کند.

در این بین بانک مرکزی و بانک‌های عامل پرداخت کننده حقوق و مزایای مستمر کارکنان دستگاه‌های اجرایی موظفند وب سرویس استعلام شبابی بانکی کارکنان دولتی را براساس کد ملی در اختیار خزانه‌داری کل قرار داده و شرایطی ایجاد کند که وجه مربوط به حقوق بدون وقفه و در اسرع وقت به حساب بانکی کارکنان واریز و در نهایت به دستگاه‌های اجرایی اعلام شود.

گفتنی است که پرداخت حقوق‌ها در سال جاری از پرحاشیه‌ترین بخش‌های مربوط به قانون بودجه بود که در نهایت براساس مصوبه مجلس، دولت موظف به اجرای آن شد.

طبق قانون بودجه باید حقوق کارکنان ۴۰۰ هزار تومان به اضافه حداکثر ۱۰ درصد افزایش یابد که در رابطه با نحوه پرداخت بین مجلس و دولت اختلاف نظر وجود داشت و دولت معتقد بود که با هر روشی که پرداخت انجام می‌شود در نهایت بر مبنای همین مصوبه مجلس بوده و اگر نظر دیگری بین نمایندگان وجود دارد، تغییرات را اعلام کنند.

در این بین نامه‌نگاری‌های بین رئیس مجلس و دولت هم انجام شد  اما تاکنون نتیجه آن مشخص نشده است.