پایان جدایی زوج پرسپولیسی

بعد از این ناکامی، فعالیت مطهری در فوتبال ایران دوباره با دستیاری و حضور در کادر فنی ادامه پیدا کرد اما این بار در تیم ملی و زیر نظر امیر قلعه‌نویی. حمید مطهری در شروع فعالیت امیر قلعه‌نویی یکی از مربیانی بود که در کادر فنی او حاضر شد و در جام ملت‌های آسیا هم یکی از مربیان تیم ملی بود. اما بعد از جام ملت‌ها و در اقدامی عجیب، مطهری نیمکت تیم ملی را رها کرد تا دوباره به لیگ برگردد.

پست بعدی او سرمربیگری در تراکتور بود که بعد از قطع همکاری تبریزی‌ها با پاکو خمس اتفاق افتاد. اما از همان ابتدا هم گفته می‌شد که مطهری فقط به عنوان سرمربی موقت جانشین سرمربی اسپانیایی شده و در ادامه قرار است یحیی گل‌محمدی هم به او ملحق شود. این اتفاق هرگز رخ نداد و شایعات زیادی درباره مجوز یحیی برای مربیگری در تیم‌های بزرگ لیگ مطرح شد. مطهری بعد از چند بازی پایانی فصل از تراکتور رفت و یحیی هم با فولاد خوزستان قرارداد بست تا این دو نفر این بار در خوزستان به هم برسند و کنار همدیگر روی نیمکت فولاد بنشینند.